src.infer package

Submodules

• src.infer.collisions module
  • collisions_from_motif_concentration_trajectory_and_collision_rate_constants()
  • motifs_collisions_array_from_motifs_array()
  • ligation_spot_formations_from_motifs_array()
  • collisions_from_motif_concentration_trajectory_array_and_collision_rate_constants_array()
• src.infer.dissociation_constant module
  • hybridization_bond_category()
  • segment_category()
  • analyze_segment()
  • dissociation_constant_from_strand_reactor_parameters()
  • ligation_rate_constant_from_strand_reactor_parameters()
  • template_averaged_dissociation_constant_from_strand_reactor_parameters()
  • energy_continuous_block()
  • give_shape()
• src.infer.effective_ligation_rates_from_parameters module
  • effective_ligation_rates_from_parameters()
  • calculate_effective_ligation_rate_for_tetramer_creation()
  • separate_hybridization_and_ligation_parameters()
• src.infer.fourmer_breakage_rates module
  • fourmer_breakage_rates()
• src.infer.fourmer_mass_correction module
  • mass_correction_rates()
• src.infer.fourmer_production_rates module
  • compute_logc_diff_extended_end_motifs()
  • compute_logc_diff_extending_beginning_motifs()
  • compute_logc_diff_produced_motifs()
  • compute_total_extension_rates()
  • compute_motif_extensions()
• src.infer.fourmer_trajectory_from_rate_constants module
  • fourmer_trajectory_from_rate_constants()
• src.infer.mean_length module
  • mean_length()
• src.infer.motif_breakage_rate_constants_from_strand_reactor_parameters module
  • motif_breakage_rate_constants_from_strand_reactor_parameters()
• src.infer.motif_concentration_trajectory module
  • motif_concentration_trajectory_from_motif_number_trajectory()
• src.infer.motif_concentration_vector module
  • motif_concentration_vector_from_motif_number_vector()
• src.infer.motif_production_rate_constants_extension_matrix module
  • motif_production_rate_constants_extension_matrix()
• src.infer.motif_production_rate_constants_from_strand_reactor_parameters module
  • motif_production_rate_constants_from_strand_reactor_parameters()
• src.infer.motif_production_rates module
  • motif_production_rates_array_from_motif_production_rate_constants_array_and_motif_concentrations_array()
  • motif_production_rates_array_from_motif_production_counts()
  • left_reactant_logconcentration()
• src.infer.motif_production_transition_kernel module
  • print_hybridization_site_categories()
  • motif_production_transition_kernel_from_motif_production_rate_constants_array()
  • motif_production_transition_kernel_matrix()
• src.infer.onset module
  • onset_of_growth()
  • discretized_onset_of_growth()
  • onset_of_growth_from_strand_trajectory_parameters()
• src.infer.total_mass module
  • total_mass()
  • total_mass_of_motif_concentration_trajectory_array()
  • total_mass_trajectory()
• src.infer.zebraness module
  • system_level_motif_zebraness()
  • individual_motif_zebraness()

Module contents